[0038] 下面结合具体实施例对本发明做进一步描述,但本发明的保护范围并非仅限于此。
[0039] bmo-miR-3378的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明实施案例中所使用的细胞培养液Sf-900TM II SFM(1×)和胎牛血清(FBS)购自美国Gibco公司,转染用脂质体Lipofectamine LTX&PLUS Reagent和细胞RNA提取用TRIzol Reagent等均购自美国Life Technologies公司;RNA逆转录用Transcriptor First Strand cDNA Synthesis Kit、qRT-PCR用FastStart Universal SYBR Green Master(ROX)和病毒DNA提取用High Pure Viral Nucleic Acid Kid等均购自美国Roche公司;细胞凋亡检测用CaspACE Assay System(Colrimetric)购自美国Promega公司;细胞活力检测用MTT购自碧云天生物技术有限公司。家蚕bmo-miR-3378类似物及其对照、bmo-miR-3378抑制物及其对照由上海吉玛制药技术有限公司设计并合成;具体序列如下:
[0040]
[0041]
[0042] 以下实施案例设计的检测方法如下:
[0043] 1.家蚕BmN细胞的转染
[0044] (1)在24孔板中接入状态良好的BmN细胞约1×105个/孔后,27℃培养过夜,使细胞50%~70%铺满培养孔;
[0045] (2)稀释bmo-miR-3378类似物:取1.25μL 20μM bmo-miR-3378类似物储存液于Nuclease-Free EP管中,用Sf-900II SFM培养液稀释到50μL,轻轻吹吸5次混匀,室温孵育5min;
[0046] (3)稀释脂质体:轻轻上下颠倒混匀Lipofectamine LTX&PLUS试剂,快速离心至管底,取2μL于Nuclease-Free EP管中,用Sf-900II SFM培养液稀释成50μL脂质体稀释液,轻轻吹打5次使之混匀,室温放置5min;
[0047] (4)制备脂质体与bmo-miR-3378类似物混合液:将50μL脂质体稀释液与50μL bmo-miR-3378类似物稀释液轻轻混匀,室温下孵育20min;
[0048] (5)在孵育结束前,吸除孔板中的培养基,用Sf-900II SFM培养液清洗细胞培养孔,轻轻滴加400μL培养基于细胞培养孔中;
[0049] (6)在孵育结束后,将脂质体与bmo-miR-3378类似物混合液滴加到细胞上;
[0050] (7)27℃培养5h后将细胞培养基换成加有10%胎牛血清的Sf-900II SFM培养液;
[0051] (8)27℃培养48h后采用qRT-PCR方法定量检测bmo-miR-3378的表达量。
[0052] 转染实验中,每个转染样品设置3个重复孔。bmo-miR-3378类似物对照的加样量与bmo-miR-3378类似物相同;bmo-miR-3378抑制物及其对照的加样量是类似物的2倍。
[0053] 2.BmNPV-DsRED重组病毒的活化
[0054] 取3mL新鲜并加有10%胎牛血清的Sf-900II SFM培养液加入新的T-25细胞培养瓶中,然后将生长状态良好的BmN细胞吹打均匀后,取2mL滴加到T-25细胞培养瓶中;轻轻混合细胞悬液后,置于27℃下培养。待细胞80%铺满培养瓶时,弃去旧培养液,加入新鲜培养液,并接入50μL BmNPV-DsRED重组病毒液,轻轻混匀后继续培养。培养3~4d后,待大部分细胞漂浮在培养液中时,收集富含BmNPV颗粒的培养液,用0.22μm滤膜过滤除去病毒液中的细胞碎片,用Reed-Muench终点稀释法测定活化后病毒的滴度。
[0055] 实施例1家蚕BmN细胞小RNA表达量的qRT-PCR检测
[0056] 取状态良好的BmN细胞接种于24孔细胞培养板中,27℃培养3~4h后,约80%细胞铺满细胞培养孔,随后按MOI=0.15量接入BmNPV-DsRED重组病毒,或按上述方法分别转染bmo-miR-3378类似物及其对照、bmo-miR-3378抑制物及其对照,混匀后继续培养。
[0057] 1、细胞总RNA提取
[0058] (1)吸尽24孔培养板中的培养液,加入500μL Trizol,轻轻摇晃后冰上放置10min,用移液器吹打确保细胞完全裂解,将裂解液吸至离心管中;
[0059] (2)室温静置5min,加入0.1mL氯仿,剧烈振荡15s,室温放置2min,4℃12000rpm离心15min,吸取上清至新RNase-free EP管中;
[0060] (3)加入0.25mL异丙醇,轻柔混匀,室温放置10min,4℃12000rpm离心10min,去上清,可见RNA沉淀;
[0061] (4)加入1.0mL DEPC水配置的75%乙醇洗涤沉淀,4℃7500rpm离心5min,小心吸尽液体,自然干燥,待RNA完全干燥前加入30μL DEPC水溶解。测定260nm和280nm等OD值,以检验RNA纯度及浓度,-80℃保存留用。
[0062] 2、cDNA合成
[0063] 根据茎环法分别设计、合成bmo-miR-3378的Stem-loop引物(序列如SEQ ID NO.2所示)、上游引物(序列如SEQ ID NO.3所示)和下游引物(序列如SEQ ID NO.4所示)。采用家蚕5S rRNA(B5S)为内参基因,分别设计并合成其上游引物(序列如SEQ ID NO.5所示)和下游引物(序列如SEQ ID NO.6所示)。
[0064] 按Roche公司Transcriptor First Strand cDNA Synthesis Kit说明书配制逆转录反应体系液并设置反应程序:
[0065] (1)取新的Nuclease-Free EP管,依次加入1.0μg RNA、1.0μL 20μM Oligo dT或Random引物和1.0μL 10μM bmo-miR-3378Stem-loop引物,用RNase-Free水补足至13μL,轻轻吹打混匀;
[0066] (2)将反应液置于65℃水浴锅温育10min,水浴结束后立即置于冰上;
[0067] (3)依次加入4.0μL 5×Transcriptor Reverse Transcriptase Reaction Buffer、0.5μL 40U/μL Protector RNase Inhibitor、2.0μL dNTP(10mM each)和0.5μL 20U/μL Transcriptor Reverse Transcriptase,轻轻混匀后甩至管底;
[0068] (4)逆转录反应条件如下:55℃30min,85℃5min,冰上冷却后得到cDNA,-20℃保存。
[0069] 3、qRT-PCR检测
[0070] 以50×稀释的cDNA为模板,按Roche公司Faststart Universal SYBR Green Master(Rox)说明书配制qPCR的体系并设置反应程序:
[0071] 取新PCR管依次加入FastStart Universal SYBR Green Master(ROX)10μL、10μM上下游引物各0.6μL和cDNA模板1.5μL,用PCR-grade水补足至20μL。混匀后甩至管底,使用ABI 7300荧光定量PCR仪进行qPCR检测。反应条件:95℃预变性10min;95℃15s,60℃60s,共40个循环。同时以B5S基因为内参基因,应用ABI 7300System分析获得PCR扩增的实验数据,采用2-ΔΔCt相对定量法计算比较表达量位数差异。
[0072] 茎环法qRT-PCR检测小RNA表达量的结果如图1-3所示。家蚕细胞在感染病毒早期(24h内),bmo-miR-3378表达量出现显著降低;而转染bmo-miR-3378类似物或抑制物后,bmo-miR-3378表达量分别出现显著增高或显著降低。这表明bmo-miR-3378在BmNPV感染家蚕细胞过程中具有一定作用。同时,本发明构建的BmN细胞bmo-miR-3378过表达/抑制表达处理与检测体系是有效的。
[0073] 实施例2 bmo-miR-3378对家蚕BmN细胞诱导凋亡影响的Caspase活性检测[0074] 按上述方法对BmN细胞转染bmo-miR-3378类似物或抑制物及其各自对照48h后,以MOI=0.15量接入BmNPV-DsRED重组病毒。
[0075] (1)在接毒培养12h、24h、48h和72h后分别收集细胞,4℃1000rpm离心10min;
[0076] (2)用冰冷PBS缓冲液洗涤细胞沉淀,4℃1000rpm离心10min;
[0077] (3)弃去PBS缓冲液,加入Promega公司CaspACE Assay System(Colrimetric)试剂盒中的细胞裂解液重悬细胞;
[0078] (4)置于-80℃下约2min使细胞液完全冰冻,随后冰上解冻约20min;
[0079] (5)待细胞液完全解冻后,冰上静置15min;
[0080] (6)重复冻融1次以确保细胞被完全裂解,4℃13000rpm离心20min,取上清用于凋亡检测或储存于-80℃备用。
[0081] 按照CaspACE Assay System(Colrimetric)试剂盒说明书处理样品后,在多功能酶标仪上检测各样品在405nm处的吸光度值。
[0082] 检测结果如图4-5所示。经bmo-miR-3378类似物转染处理后,家蚕细胞的凋亡水平在病毒感染早期(24h内)呈极显著增高(p<0.01),后随时间延长而差异不再显著;经bmo-miR-3378抑制物转染处理后,家蚕细胞的凋亡水平在病毒感染后48h内均呈显著降低(p<0.05)。这表明bmo-miR-3378表达量变化可显著影响家蚕细胞对病毒的凋亡反应。
[0083] 实施例3 bmo-miR-3378对家蚕BmN细胞活力影响的MTT活性检测
[0084] 按上述方法对BmN细胞转染bmo-miR-3378类似物或抑制物及其各自对照48h后,以MOI=0.15量接入BmNPV-DsRED重组病毒。
[0085] 在接毒培养12h、24h、48h和72h后弃去原培养液,加入500μL新鲜无血清的Sf-900II SFM(1×)细胞培养液,再每孔加入25μL MTT,混匀后于27℃培养4h;吸去培养液后加入750μL DMSO;摇床震荡10min,采用多功能酶标仪在490nm波长处检测每孔的光密度。
[0086] 检测结果如图6-7所示。经bmo-miR-3378类似物转染处理后,家蚕细胞活力在病毒感染24h后呈显著增高;而经bmo-miR-3378抑制物转染处理后,家蚕细胞活力在病毒感染24h后却呈显著降低。这表明bmo-miR-3378表达量变化可显著影响家蚕细胞感染病毒后的活力。
[0087] 实施例4 bmo-miR-3378对BmNPV增殖力影响的qRT-PCR检测
[0088] 按上述方法对BmN细胞转染bmo-miR-3378类似物或抑制物及其各自对照48h后,以MOI=0.15量接入BmNPV-DsRED重组病毒。
[0089] 在接毒培养12h、24h、48h和72h后分别收集细胞病毒悬液,取200μL按Roche公司High Pure Viral Nucleic Acid Kit说明书少量纯化病毒基因组DNA。
[0090] 设计并合成用于病毒qPCR的上游引物(序列如SEQ ID NO.7所示)和下游引物(序列如SEQ ID NO.8所示),以病毒基因组DNA为模板,按上述的Roche公司Faststart Universal SYBR Green Master(Rox)说明书配制qPCR体系并设置反应程序,进行病毒定量PCR检测。
[0091] 测定纯化获得的病毒DNA样品浓度,根据下列公式计算每微升DNA样品中含有的BmNPV-DsRED拷贝数(Copies/μL):DNA浓度(ng/μL)×6.02×1023×10-9/(660×bases)。其中,每个碱基分子量按660Da计算,阿伏伽德罗常数为6.02×1023,bases为DNA碱基数。以此计算获得病毒DNA标准品的拷贝数为1.49×1011copies/μL。将病毒DNA标准品用ddH2O按10倍梯度稀释后,分别取1μL作为模板进行qPCR反应,制作标准曲线,进而对各样品的病毒DNA进行定量分析。
[0092] 检测结果如图8-9所示。BmNPV感染经bmo-miR-3378类似物转染处理的家蚕细胞,病毒的DNA拷贝数在感染后72h内呈极显著降低;而感染经bmo-miR-3378抑制物转染处理的家蚕细胞,病毒的DNA拷贝数在感染后72h内却呈极显著增高。这表明bmo-miR-3378表达量变化可显著影响BmNPV在家蚕细胞中的增殖。
[0093] 实施例5 bmo-miR-3378对BmNPV感染力影响的Reed-Muench终点稀释检测[0094] 按上述方法对BmN细胞转染bmo-miR-3378类似物或抑制物及其各自对照48h后,以MOI=0.15量接入BmNPV-DsRED重组病毒。在接毒培养12h、24h、48h和72h后分别收集细胞病毒悬液,用0.22μm滤膜过滤除去病毒液中的细胞碎片后,用细胞培养液按10×作10次连续梯度稀释。
[0095] 在96孔板中全部接入100μl BmN细胞(约6×104个/孔),27℃下用含10%胎牛血清的Sf-900II SFM培养液培养3h。然后,将病毒稀释液按列(即8孔)分别接入细胞中,每孔接毒100μl;剩余2列细胞中加培养液100μl,设为对照。置于27℃下培养,每天在荧光显微镜下观察并记录每列出现红色荧光的孔数,并按照Reed-Muench法(Reed和Muench,1938)计算病毒的TCID50和MOI值。
[0096] 检测结果如图10-11所示。BmNPV感染经bmo-miR-3378类似物转染处理的家蚕细胞后,病毒的滴度水平呈极显著降低;而感染经bmo-miR-3378抑制物转染处理的家蚕细胞后,病毒的滴度水平却呈极显著增高。这表明bmo-miR-3378表达量变化可显著影响BmNPV对家蚕细胞的侵染力。